Sólo pruebas sensibles y específicas pueden detectar de manera fiable las fusiones génicas NTRK y ROS1 ^1-3

Existen múltiples pruebas moleculares disponibles para detectar fusiones de genes, pero algunas son más específicas que otras^1,2,4-11
La secuenciación de última generación (NGS) tiene alta sensibilidad, exactitud y rendimiento necesarios para evaluar todas las fusiones de genes^9-16

Tecnologías disponibles para la detección de fusiones génicas

NGS

Secuenciación de última generación (NGS)

Habilidad para detectar diferentes fusiones	Detecta fusiones en los tres genes NTRK y en el gen ROS1^4,9 NGS es una manera sensible y específica de detectar todas la posibles variantes de las fusiones NTRK, así como también,de identificar otros biomarcadores en una única prueba molecular integral. ARN-NGS puede detectar tipos de fusión ROS1 y la posición de los reordenamientos genómicos.^4,5,9
Fiabilidad	La fiabilidad varía dependiendo del ensayo utilizado¹⁷ Existen diferentes paneles NGS que tienen como blanco diferentes regiones de la secuencia, y la profundidad de cobertura varía entre ensayos. Los requerimientos de contenido tumoral pueden también variar entre ensayos.¹⁷
Ventajas	Pueden detectar nuevos tipos de fusión y evaluar múltiples blancos accionables¹⁸ Dependiendo del ensayo utilizado, NGS puede evaluar múltiples y nuevos tipos de fusión, preservando el tejido limitado. La secuenciación de ARN se focaliza en las secuencias codificantes y no en los intrones, y es apropiada para la detección de fusiones génicas.^5,18
Desventajas	Puede no identificar todas las fusiones NTRK y ROS1¹⁸ La técnica ADN-NGS está limitada por el tamaño del intrón. ARN-NGS es apropiada para la detección de fusiones génicas pero podría estar limitada por la calidad del ARN.^5,18
Muestra	Cuando se pide una prueba NGS, se debe estar seguro que incluya el análisis de fusión para los tres genes NTRK; NTRK1, NTRK2, and NTRK3¹⁹ Los resultados de las pruebas ayudarán a identificar tumores sólidos positivos para fusiones NTRK. El contenido específico del reporte de cada paciente va a depender del método del ensayo utilizado y del laboratorio.

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IHC

Inmunohistoquímica (IHC)

Habilidad para detectar diferentes fusiones	Puede detectar proteínas codificadas por los genes NTRK y ROS1 pero se requieren pruebas adicionales para confirmar fusiones génicas^2,5,9,13 Para ser utilizada como herramienta de screening - se requieren otras metodologías para confirmar fusiones génicas. Los anticuerpos Pan-TRK pueden detectar la presencia de proteínas codificadas por cualquiera de los tres genes NTRK pero no pueden diferenciar entre una proteína fusión o una proteína wild-type.^2,5,13
Fiabilidad	Detecta proteínas TRK y ROS1 con alta especificidad y sensibilidad^2,5 Está reportado que: los anticuerpos Pan-TRK presentan 95-100% de sensibilidad y hasta un 100% de especificidad para las proteínas TRK; y los anticuerpos ROS1 presentan 100% de sensibilidad y una especificidad que varía entre 70% hasta 100%, dependiendo del umbral utilizado para definir la positividad.^2,9,10
Ventajas	Bajo costo y fácilmente disponible^2,9,18 Los anticuerpos Pan-TRK detectan proteínas TRK A, B y C en un plazo de 1-2 días.¹⁸
Desventajas	No puede diferenciar de manera fiable entre la expresión de una proteína normal y aquella resultante de un reordenamiento genómico^9,18 La técnica IHC puede detectar las proteínas TRK y ROS1 fusión como wild type, conduciendo a posibles falsos positivos. Existe, también, un riesgo de posibles falsos negativos para las fusiones que involucran a TRKC. Por lo tanto, son requeridas pruebas adicionales para confirmar la presencia de reordenamientos génicos.^9,18
Muestra	Tinción de un ensayo Pan-TRK de una muestra de cancer colorrectal que presenta fusión EML4-NTRK1(izquierda) y de una muestra de carcinoma secretor que presenta fusión ETV6-NTRK3 (derecha). El estado de fusión está basado en pruebas NGS.²⁰

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FISH

Hibridización por inmunofluorescencia in situ (FISH)

Habilidad para detectar diferentes fusiones	Puede detectar ambas fusiones NTRK y ROS1, dependiendo de las sondas utilizadas^18,19 Diferentes sondas son requeridas para cada gen NTRK.²¹ Para la detección de fusiones ROS1 se utilizan sondas “break-apart” de dos colores, las cuales marcan la parte 3’ (centromérica) del punto de quiebre de la fusión con un fluorocromo de un color y la parte 5’ (telomérica) con otro. Los reordenamientos son determinados mediante el análisis del patrón de colores de los fluorocromos.^9,21
Fiabilidad	Pueden ocurrir falsos negativos o falsos positivos^9,18 La fiabilidad depende de la sonda utilizada. Existe el riesgo de resultados falsos positivos debido a las traslocaciones cromosómicas complejas y a la detección de proteínas de fusión no-funcionales.^9,18 Es posible que algunas variantes o reordenamientos complejos no se detecten.^1,2,9,18 En algunos casos, los resultados falsos negativos pueden ser superiores al 30%.¹⁸
Ventajas	Fácilmente disponible, la técnica de FISH “break-apart” es el estándar de oro para la detección de las fusiones ROS1^10,21 Permite la visualización del objetivo dentro de la célula y posibilita que diversos blancos sean detectados en una misma muestra utilizando múltiples fluoróforos.^10,18 El uso de sondas separables permite la detección de tipos de fusiones desconocidos.¹⁸
Desventajas	La técnica de FISH convencional puede requerir de múltiples pruebas para detectar fusiones NTRK La secuencia blanco debe ser conocida para poder utilizar la técnica de FISH convencional, y se requieren tres pruebas separadas para NTRK1, NTRK2 y NTRK3.¹⁸Depending on the type of translocation there is also a risk of false positive or false negative results.^9,18

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PCR

Polymerase chain reaction (PCR)

Habilidad para detectar diferentes fusiones	Requiere múltiples sets de primers para detectar las fusiones génicas^18,22 La localización de los reordenamientos no es conocida al momento de la realización de la prueba, entonces, son requeridos múltiples sets de primers, uno para cada variante de fusión.^18,21,22
Fiabilidad	Confiable para los tipos de fusiones conocidas, requiere confirmación por FISH cuando se testea para fusiones ROS1¹⁰ Cada variante requiere un set específico de primers. Entonces, la técnica de PCR puede perderse variantes desconocidas o variantes no testeadas.^7,9,21,22 La expresión de ROS1 es detectable en tejido normal de pulmón, la prueba por PCR no es lo suficientemente específica para detectar, en pacientes con cáncer de pulmón, tumores ROS1+ sin confirmación por FISH.^11,22
Ventajas	Costo bajo por ensayo, con alta sensibilidad y especificidad¹⁸
Desventajas	Solo puede detectar secuencias blanco conocidas¹⁸ La secuencia blanco debe ser conocida y no es posible detectar fácilmente nuevas variantes de fusión. Un ensayo multiplex integral de RT-PCR (reverse transcriptase polymerase chain reaction) podría ser un desafío debido al número potencialmente alto de posibles variantes 5’ de fusión.^10,18

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Descargue nuestra guía para la detección de fusiones NTRK

Una prueba molecular apropiada puede ayudar a descubrir fusiones génicas.^4,5,18 Tu patólogo puede ayudar a decidir cuál es la mejor opción de prueba para cada paciente.

Notas a pie de página:

FISH, hibridización de fluorescencia in situ; IHC, inmunohistoquímica; NGS, secuenciación de nueva generación; CPCNP, cáncer de pulmón de células no pequeñas; RT-PCR, reacción de cadena de polimerasa de transcripción reversa.

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Sólo pruebas sensibles y específicas pueden detectar de manera fiable las fusiones génicas NTRK y ROS1 1-3

Tecnologías disponibles para la detección de fusiones génicas

Una prueba molecular apropiada puede ayudar a descubrir fusiones génicas.4,5,18 Tu patólogo puede ayudar a decidir cuál es la mejor opción de prueba para cada paciente.

Sólo pruebas sensibles y específicas pueden detectar de manera fiable las fusiones génicas NTRK y ROS1 ^1-3

Una prueba molecular apropiada puede ayudar a descubrir fusiones génicas.^4,5,18 Tu patólogo puede ayudar a decidir cuál es la mejor opción de prueba para cada paciente.